Dal punto di vista geologico, il territorio del Comune di Savogna d'Isonzo, nella Provincia di Gorizia, si può dividere nettamente in due parti: una pianeggiante, tra i 40 e i 60 m s.l.m., e una carsica, culminante nei 276 m del Monte San Michele, coperta soprattutto da boschi.



Il territorio di Savogna è sito alla confluenza di due fiumi: il Vipacco e l'Isonzo.



Si tratta di due tipologie fluviali profondamente diverse: l'Isonzo è a carattere più torrentizio, e con greto ciottoloso; il Vipacco è un fiume con minore portata, ma più costante, e greto fangoso. I suoli pianeggianti sono a scheletro più o meno prevalente.

 

Per quanto riguarda il Carso, si tratta di un altipiano di rocce carbonatiche coperto prevalentemente da boschi e macchia con numerose grotte tra cui la grotta Regina del Carso, la grotta Vivisce che presenta tracce di vita preistorica, la grotta della Rupe.

 

Il territorio si articola in varie cime: la cima del monte San Michele, guarda verso la pianura friulana, mentre le cime Goli?evnik e Brestovi guardano verso il Vallone, altro interessante fenomeno geologico, situato nella parte orientale del Comune; tra di esse lo Škofnik.



Il Vallone si diparte dalla frazione di Gabria, e prosegue nei comuni di Doberdò del Lago e successivamente in quello di Merna-Castagnevizza e Comeno in Slovenia. Si tratta di una vera e propria valle, che si suppone essere stata l'antico alveo in tempi preistorici di qualche fiume - verosimilmente Vipacco o Isonzo, data la loro vicinanza - che andava poi a sfociare nel golfo di trieste nei pressi dell'odierna Monfalcone. Si pensa che acque di questi due fiumi percolino attraverso le cavità carsiche fino a raggiungere e alimentare il lago di Doberdò.

 

A est di Savogna emergono dalla pianura due grandi massi calcarei, uno più grande, l'altro di misura minore, su cui sorgono le frazioni, rispettivamente di Peci e Rupa. Stretti tra il Vipacco e il Carso sono gli abitati di Gabria e Rubbia col suo castello.